No todos los anticonceptivos pueden ser utilizados en caso de que exista una enfermedad asociada, y esto debe ser tenido en cuenta a la hora de elegir cual de ellos utilizar, ya que dependiendo del problema hay algunos que están más indicados que otros.

Normalmente en todos los casos se pueden utilizar métodos de barrera (preservativo o diafragma), sobre todo si las relaciones sexuales van a ser esporádicas y no en pareja estable, siendo menos aconsejable para relaciones estables de larga duración, ya que su índice de embarazos es mayor que para los métodos anticonceptivos de larga duración: hormonales, dispositivo intrauterino (DIU), vasectomía o ligadura de trompas (aunque estos dos últimos son soluciones quirúrgicas e inicialmente definitivas).

En la hipertensión arterial, enfermedad muy frecuente, no se recomienda el uso de anticonceptivos hormonales excepto los que contengan exclusivamente progestágenos.
Si puede utilizarse el DIU.
Lo mismo se puede decir para mujeres que hayan sufrido problemas vasculares: infarto de miocardio, trombosis venosas, accidentes cerebrovasculares…
Las mujeres con várices son un caso especial, ya que aunque no está contraindicado estrictamente el uso de anticonceptivos hormonales, si debe valorarse individualmente el mayor riesgo de trombosis venosa que presentan con su consumo.
Por supuesto pueden utilizar DIU, métodos de barrera, y vasectomía o ligadura.

En la diabetes controlada se puede utilizar cualquier método anticonceptivo, pero si la enfermedad ha desarrollado complicaciones en órganos como el riñón, la retina… no deben utilizarse anticonceptivos hormonales, siendo de elección el DIU.

En los casos de cáncer de mama o de endometrio están contraindicados los anticonceptivos hormonales, siendo de elección el DIU.

Las mujeres con enfermedades quísticas benignas de la mama o del ovario pueden beneficiarse del tratamiento con anticonceptivos hormonales, pero este tratamiento no debe decidirse sin consultarlo previamente con él ginecólogo responsable del caso, que debe ser el que autorice o no su uso, ya que es quien conoce el caso concreto de la paciente.

En la lactancia no deben utilizarse anticonceptivos hormonales combinados, excepto los que contengan progestágenos únicamente. También está indicado el DIU.

En la epilepsia y la migraña no se recomiendan los anticonceptivos hormonales, siendo él sistema más recomendado una vez más el DIU o los métodos de barrera.

En las enfermedades hepáticas están contraindicado los anticonceptivos hormonales de forma general. Puede utilizarse el DIU. Una vez se haya solucionado el problema hepático (por ejemplo una hepatitis) puede considerarse el utilizar contracepción hormonal.

Finalmente, los enfermos mentales son un caso especial, ya que no se asegura en todos los casos un cumplimento correcto del tratamiento tratamiento. Los métodos definitivos (vasectomía o ligadura de trompas) deben ser considerados seriamente.
En caso de querer una contracepción hormonal los mejores métodos son aquellos que aseguran un cumplimiento estricto, como los depósitos hormonales implantables de liberación a largo plazo.
En caso de existir promiscuidad sexual es muy importante recordar el papel de protección de enfermedades de trasmisión sexual que tienen los métodos de barrera.

Una mención especial debe hacerse al hábito del tabaco, ya que aunque no es propiamente una enfermedad, desaconseja el uso de anticonceptivos hormonales combinados (pueden tomarse los que contengan solo progestágenos), ya que aumenta mucho el riesgo de enfermedad vascular. Una solución sería dejar de fumar mientras se utilizan estos tratamientos, o recurrir al DIU.